Sau khi chiếm được sân bay Kandahar, ông được bổ nhiệm làm tổng giám đốc, hay còn gọi là sĩ quan an ninh phụ trách sân bay Kandahar, một vai trò bao gồm cả lực lượng không quân và hệ thống phòng không của Kandahar. Sau khi chiếm Kabul trong năm 1996, ông được bổ nhiệm làm giám đốc của các hãng hàng không Ariana, và bổ sung là Bộ trưởng của Tiểu vương quốc về hàng không và du lịch, bởi Mohammed Omar, trong Tiểu vương quốc Hồi giáo Talebani của Afghanistan, cùng với việc giám sát lực lượng không quân và không quân của Emirates- hệ thống phòng thủ, từ việc bổ nhiệm ông làm người đứng đầu các hệ thống này trong Bộ Quốc phòng. Đáng chú ý, khi còn là Bộ trưởng, Mansoor đã tổ chức các dịch vụ bay 24 giờ trong lãnh thổ Afghanistan, qua đó tổ chức cung cấp các phương tiện cho người Hồi giáo đến Mecca là Hajj thông qua đường hàng không. Trong năm 1996, Mullah đã bổ nhiệm cá nhân Farid Ahmed vào vị trí quản lý nhà ga của các hãng hàng không Ariana.[1][11][12][13][14][15]

Trong năm 1997, khi Taliban cố gắng đánh chiếm thành phố phía bắc Mazar-e-Sharif nhưng không thành công, Mansoor bị một lãnh chúa người Uzbekistan bắt giữ. Trong hai tháng, ông sống như một tù nhân chiến tranh trước khi Mohammed Omar dùng tiền trao đổi ông.[16]